平成11年のJAS法改正を受け、平成12年に有機農産物及び有機農産物加工食品の特定JAS規格が定められました。有機農産物加工食品とは有機農産物を原材料として、製造や加工の段階において科学的に合成された食品添加物や薬剤の使用を避けることが基本として製造された加工食品のことです。水と食塩を除いた原材料のうち、有機農産物と有機農産物加工食品以外の材料は5％以下でないといけません。登録認定機関(第三者認定機関)が生産者を認定し、その生産物のみに｢有機JASマーク｣が付けられます。この｢有機JASマーク｣を付けられたものでなければ、｢有機栽培トマト｣、｢有機納豆｣、｢キャベツ(オーガニック)｣のように｢有機｣や｢オーガニック｣の表示をしてはいけないことになりました。