平成11年のJAS法改正を受け、平成12年に有機農産物及び有機農産物加工食品の特定JAS規格が定められました。有機農産物とは、播種または植え付けの前に2年、多年生作物の場合は最初の収穫の前の3年以上、化学的に合成された肥料・農薬を使わずに堆肥などによる土作りを行ったほ場において生産された農産物をいいます。登録認定機関(第三者認定機関)が生産者を認定し、その生産物のみに｢有機JASマーク｣が付けられます。この｢有機JASマーク｣を付けられたものでなければ、｢有機栽培トマト｣、｢有機納豆｣、｢キャベツ(オーガニック)｣のように｢有機｣や｢オーガニック｣の表示をしてはいけないことになりました。